不動産売却の税金【2026年】｜税率・3,000万円控除・節税対策を解説【台東区・荒川区の不動産売却ならセンチュリー21クレール不動産】

コラム作成日：2026年4月25日
コラム更新日：2026年9月27日

1. 不動産売却でかかる税金の全体像

不動産売却で売主が確認する主な税金は、売却益に対する所得税・復興特別所得税・住民税、売買契約書の印紙税、抵当権抹消などの登記に伴う登録免許税です。すべての税金がすべての売却で発生するわけではなく、売却益の有無、契約方法、住宅ローンや登記の状況によって変わります。

売却時に確認する主な税金

税金	主に発生する場面	確認する点
所得税・復興特別所得税・住民税	土地・建物の売却で課税譲渡所得が生じる場合	取得費、譲渡費用、所有期間、利用できる特例
印紙税	課税対象となる紙の不動産売買契約書を作成する場合	契約書に記載された契約金額
登録免許税	抵当権抹消や住所・氏名等の変更登記などが必要な場合	登記の種類、不動産の個数、登記名義人の情報

1-1. 売却益にかかる所得税・住民税

土地や建物を売却したときの譲渡所得は、給与所得や事業所得などと分けて税額を計算する分離課税です。一般に「譲渡所得税」と呼ばれることがありますが、実際には所得税、復興特別所得税、住民税をそれぞれ計算します。

最も重要なのは、売却代金全額に20％や39％の税金がかかるわけではないという点です。売却代金から取得費と譲渡費用を差し引き、適用できる特別控除があれば、さらにその控除を反映した金額を基に税額を計算します。

一次情報：国税庁「土地や建物を売ったとき」

1-2. 不動産売買契約書の印紙税

課税対象となる紙の不動産売買契約書を作成した場合は、契約書に記載された金額に応じて印紙税がかかります。不動産譲渡契約書の軽減措置は、2027年3月31日までに作成される一定の契約書が対象です。

不動産譲渡契約書の印紙税（軽減後）

契約金額	軽減後の印紙税額
1,000万円超～5,000万円以下	1万円
5,000万円超～1億円以下	3万円
1億円超～5億円以下	6万円

契約書を複数作成した場合は、それぞれの課税文書について印紙税を確認する必要があります。

一次情報：国税庁「不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置」

1-3. 抵当権抹消・住所変更などの登録免許税と登記

住宅ローンを完済して抵当権を抹消する場合、抵当権抹消登記の登録免許税は不動産1個につき1,000円です。土地と建物がそれぞれ1個なら、登録免許税は合計2,000円となります。司法書士へ依頼する場合は、別途司法書士報酬がかかります。

売却を予定している不動産について登記簿上の住所や氏名が現在と異なる場合は、売買の準備と併せて登記状況を確認してください。法務局の「スマート変更登記」を利用できる場合もあります。具体的な申請方法や売却に必要な登記は、司法書士または法務局へ確認すると安心です。

一次情報：法務局「住宅ローン等を完済した方へ（抵当権の登記の抹消手続のご案内）」／法務省「住所等変更登記の義務化特設ページ」

2. 譲渡所得と税額の計算方法

不動産売却の税金は、「売却価格－購入価格」だけでは正しく計算できません。課税の基礎となる譲渡所得は、譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算し、利用できる特別控除がある場合はさらに控除します。

買主から受け取る未経過固定資産税等に相当する精算金は、譲渡所得の収入金額に含めます（国税庁「土地建物を売ったときの収入金額に含める金額」）。このページでは、不動産売却時に発生する税金全体を把握するため、計算の基本と手取り判断に必要なポイントを中心に解説します。取得費・建物の減価償却・譲渡費用など、譲渡所得そのものの詳しい計算方法は別記事で詳しく解説しています。

2-1. 取得費・譲渡費用で特に注意する点

取得費には土地・建物の購入代金や建築代金、購入時の仲介手数料など一定の費用を含められます。ただし、建物については所有期間に応じた減価償却費相当額を差し引いて取得費を計算するため、購入価格をそのまま取得費にできるわけではありません。

譲渡費用は、原則として土地や建物を売るために直接かかった費用です。売却時の仲介手数料、売主が負担した一定の印紙税、売却のために必要となった一定の測量費や取壊し費用などが該当することがあります。一方、通常の修繕費、固定資産税、日常的な維持管理費などは原則として譲渡費用には含まれません。

一次情報：国税庁「取得費となるもの」／国税庁「譲渡費用となるもの」

2-2. 5,000万円で売却した場合のモデルケース

売却価格が5,000万円でも、5,000万円全額に税率を掛けるわけではありません。次は、計算の考え方を理解するための単純化したモデルケースです。

譲渡所得の計算例（仮定）

項目	モデル金額
譲渡価額	5,000万円
取得費	3,000万円
譲渡費用	200万円
譲渡所得	1,800万円

この不動産が3,000万円特別控除の要件を満たすマイホームであれば、譲渡所得1,800万円から特別控除を差し引くことができ、このモデルでは課税譲渡所得は0円になります。その場合、この譲渡益に対する所得税・復興特別所得税・住民税は生じません。

一次情報：国税庁「土地や建物を売ったとき」／国税庁「マイホームを売ったときの特例」

3. 2026年売却の長期・短期と税率

2026年中に土地・建物を売却する場合、2026年1月1日時点の所有期間が5年を超えていれば長期譲渡所得、5年以下なら短期譲渡所得です。実際の売却日に5年間所有しているかどうかで判定するわけではありません。

2026年売却の所有期間と通常税率

区分	2026年売却の原則的な取得時期	合計税率の目安
長期譲渡所得	2020年12月31日以前に取得	20.315％
短期譲渡所得	2021年1月1日以後に取得	39.63％

通常の長期譲渡所得は所得税15％・住民税5％、短期譲渡所得は所得税30％・住民税9％が基本です。2026年分は、所得税額に対して復興特別所得税2.1％が加わるため、合計税率の目安は長期20.315％、短期39.63％となります。

長期譲渡所得になるまで売却を待てば税率が下がる場合はありますが、売却価格の変動、住宅ローン利息、固定資産税、管理費、修繕積立金などの保有コストもあるため、税率だけで売却時期を決めるのは適切ではありません。

一次情報：国税庁「土地や建物を売ったとき」

4. 2026年に確認したいマイホームの特例

マイホームの売却では、3,000万円特別控除や10年超所有の軽減税率などを利用できる可能性があります。一方、制度ごとに適用要件と併用制限があり、住み替え先の住宅ローン控除との関係もあるため、売却前から確認することが重要です。

4-1. マイホームの3,000万円特別控除

自分が住んでいる家屋とその敷地、または以前住んでいた家屋とその敷地を一定の期限までに売却した場合、所有期間の長短にかかわらず、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる可能性があります。

主な確認事項は次のとおりです。

• 現在住んでいるマイホーム、または住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る旧居であること
• 売却年の前年・前々年に同じ3,000万円特別控除や一定の居住用財産の特例を利用していないこと
• 配偶者、直系血族、生計を一にする親族など一定の特別関係者への売却ではないこと
• 特例の適用だけを目的として入居した家などに該当しないこと
• 適用を受けるために必要な確定申告を行うこと

一次情報：国税庁「マイホームを売ったときの特例」

4-2. 所有期間10年超の軽減税率

売却した年の1月1日時点で家屋と敷地の所有期間がともに10年を超えるなど一定の要件を満たすマイホームでは、3,000万円特別控除適用後の課税長期譲渡所得について、通常より低い税率を適用できる可能性があります。

課税長期譲渡所得のうち6,000万円以下の部分は、所得税10％・住民税4％が基本で、2026年分は復興特別所得税を含めた合計税率が14.21％となります。6,000万円を超える部分は通常の長期譲渡所得の税率で計算します。

3,000万円特別控除と10年超所有の軽減税率は、それぞれの要件を満たせば併用できます。

一次情報：国税庁「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」

4-3. マイホームの買換え特例は2026年度改正の追加要件にも注意

2026年度税制改正により、特定の居住用財産の買換え・交換に関する課税の特例は、要件を見直した上で適用期限が2年延長されました。そのため、2026年中の売却も一定の要件を満たせば検討対象になります。

この制度は、一定のマイホームを売却して新しいマイホームへ買い換えた場合に、売却益への課税を将来へ繰り延べる制度です。売却益そのものが非課税になる制度ではありません。

また、3,000万円特別控除や10年超所有の軽減税率とは選択関係になるため、単純に「買換え特例を使えば有利」とは限りません。旧居の売却益、新居の取得価額、入居時期、所在地、将来の売却予定などを含めて税理士等へ確認してください。

4-4. マイホームの譲渡損失に関する2つの特例も延長

通常、土地・建物を売って生じた譲渡損失は、給与所得などと自由に損益通算できません。ただし、一定のマイホームについては例外的に損益通算・繰越控除が認められる制度があります。

マイホームの譲渡損失に関する特例

特例	主な場面	2026年売却
買換え時の譲渡損失	マイホームを売って損失が生じ、新しいマイホームを一定の住宅ローンで取得する場合	要件を満たせば検討可能
住宅ローンが残るマイホームの譲渡損失	一定の住宅ローンが残り、売却価額がローン残高を下回る場合	要件を満たせば検討可能

2026年度税制改正では、「居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除等」と「特定居住用財産の譲渡損失の繰越控除等」について適用期限が2年延長されました。

いずれも所有期間、住宅ローン、買換資産、所得金額、売却先など制度ごとに複数の条件があります。「売却損が出たから給与所得と相殺できる」と判断せず、利用する特例を特定した上で要件を個別に確認してください。

一次情報：財務省「令和8年度税制改正の大綱」（居住用財産の買換え・譲渡損失）／国税庁「特定のマイホームを買い換えたときの特例」／国税庁「買換えに伴う譲渡損失」／国税庁「住宅ローンが残るマイホームの譲渡損失」

4-5. 相続した空き家は控除額の上限にも注意する

相続した不動産では、通常のマイホーム特例とは別に、一定の被相続人居住用家屋やその敷地を売却した場合の特別控除を利用できる可能性があります。要件を満たす場合の控除額は原則として最高3,000万円ですが、2024年1月1日以後の譲渡で、被相続人居住用家屋とその敷地等を相続または遺贈により取得した相続人の数が3人以上の場合は、1人当たり最高2,000万円となります。

このほか、相続税を支払った人が一定期間内に相続財産を売却した場合には、相続税額の一部を取得費に加算できる特例があります。ただし、同じ譲渡について相続空き家の特別控除と取得費加算の特例は併用できないため、適用要件と税額を比較してください。

相続空き家の特別控除では、相続開始前の居住状況、家屋の建築時期、売却価格、耐震性、売却時期、相続人の人数など複数の条件があります。単に「相続した空き家なら3,000万円控除」と判断せず、個別の要件を確認してください。

一次情報：国税庁「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」／国税庁「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

5. 税金と手取り額を考えるときの注意点

不動産売却では、税額だけを最小化するのではなく、売却価格・住宅ローン・売却諸費用・税金を反映した最終的な手取り額で判断することが重要です。

5-1. 取得費の資料を先に集める

取得費が不明なまま概算取得費5％で計算すると、実際の取得費より低い金額で計算される可能性があります。売却を始める段階で、購入時の契約書や領収書、住宅ローン関係資料、相続時に引き継いだ書類などを探しておきましょう。

5-2. 所有期間と売却時期を確認する

長期・短期の区分が変わる直前であれば、売却時期によって税率が変わる可能性があります。ただし、売却を遅らせることで価格が下がる、管理費や固定資産税などの保有コストが増える可能性もあります。税率だけでなく、売却条件全体を比較してください。

5-3. 特例の併用関係を確認する

3,000万円特別控除と10年超所有の軽減税率は併用できますが、買換え特例とは選択関係があります。また、住み替え先で住宅ローン控除を予定している場合は、旧居の譲渡特例との適用関係を確認する必要があります。

5-4. 住宅ローン残高と売却価格を別に確認する

譲渡所得がマイナスだからといって、住宅ローンも問題なく完済できるとは限りません。反対に、売却代金でローンを完済できても税務上の譲渡所得が生じることがあります。

「譲渡所得の利益・損失」と「売却代金で住宅ローンを完済できるか」は別の計算です。混同しないようにしてください。

5-5. 査定額ではなく想定成約価格と手取りを比較する

査定価格、売出価格、実際の成約価格は同じとは限りません。査定額の高さだけで不動産会社を選ぶのではなく、想定成約価格とその根拠、仲介手数料・測量・解体・登記などの費用も含めて比較することが大切です。

6. 2026年中に売却した場合の確定申告

2026年中に不動産を売却して課税される譲渡所得が生じた場合は、原則として2027年に確定申告を行います。また、3,000万円特別控除や軽減税率などを利用して税額が0円になる場合でも、特例の適用を受けるために確定申告が必要です。

2026年分の譲渡所得の申告期間は、原則として2027年2月16日（火）から3月15日（月）までです。申告・納付の方法や最新の案内は国税庁で確認してください。

一方、一般の土地・建物を売却して損失が出た場合は、一律に確定申告義務が生じるわけではありません。ただし、一定のマイホームについて譲渡損失の損益通算・繰越控除を利用する場合は、期限内申告など所定の手続きが必要です。

一次情報：国税庁「譲渡所得の申告期限」

7. 台東区・荒川区で売却する場合の確認先

台東区・荒川区の不動産を売却しても、譲渡所得の計算方法や所得税・住民税の基本的な税率が地域によって変わるわけではありません。ただし、確定申告や税務相談では住所地等を管轄する税務署の確認が必要です。

台東区は地域によって東京上野税務署と浅草税務署に管轄が分かれ、荒川区は荒川税務署の管轄です。ただし、不動産の所在地と申告者の納税地が同じとは限らないため、実際の申告先はご自身の住所地等に基づいて確認してください。

• 東京上野税務署：台東区のうち下谷地区
• 浅草税務署：台東区のうち浅草地区
• 荒川税務署：荒川区

不動産会社が対応できるのは、査定価格、売却方法、販売条件、住宅ローン残高を踏まえた売却計画、売却諸費用の整理などです。税額や特例の適用可否は税理士・税務署、登記は司法書士・法務局、住宅ローンや抵当権に関する承諾は金融機関へ確認してください。

8. 不動産売却の税金に関するよくある質問

9. まとめ

不動産売却の税金を確認するときは、売却価格だけを見るのではなく、取得費、譲渡費用、所有期間、利用できる特例を順番に整理することが重要です。同じ価格で売却しても、これらの条件によって課税譲渡所得と税額は大きく変わります。

2026年中の売却では、原則として2020年12月31日以前に取得した不動産は長期譲渡所得、2021年1月1日以後に取得した不動産は短期譲渡所得です。マイホームでは3,000万円特別控除や10年超所有の軽減税率に加え、2026年度税制改正で適用期限が延長された買換え・譲渡損失の特例も確認する必要があります。

ただし、2026年度改正では一定の買換え関係の特例について、期限延長だけでなく災害危険区域等に関する要件も追加されています。また、相続空き家の特別控除は相続人の人数によって控除限度額が異なり、2026年4月1日からは住所・氏名等の変更登記も義務化されています。

税負担だけを基準に売却方法を決めると、住宅ローンの完済条件、売却諸費用、住み替え後の税制など別の部分で不利になる場合があります。査定価格ではなく、想定成約価格から住宅ローン・売却費用・税金を差し引いた手取り額まで確認して判断することが大切です。

コラム作成日：2026年4月25日
コラム更新日：2026年9月27日
※2026年9月27日時点で確認できた法令・制度・情報に基づく一般的な解説であり、個別案件は専門家・金融機関・行政機関等へご確認ください。
※税額・確定申告・税制特例の適用可否は税理士または所轄税務署、登記手続きは司法書士・法務局、住宅ローンや抵当権に関する承諾・手続きは金融機関へご確認ください。
※センチュリー21 クレール不動産：〒110-0003 東京都台東区根岸5-17-4／電話：0120-905-980／営業時間：10:00～19:00／定休日：毎週水曜日